După căderea regimului comunist în urma Revoluției din decembrie 1989, Părintele Stareț Iachint a condus mănăstirea astfel încât trecerea la libertatea exterioară să nu dea naștere unor dezechilibre interioare, așa cum s-a întâmplat cu foarte multe instituții și cu foarte mulți români. Din cauza bătrâneții, în luna decembrie a anului 1992, Arhimandritul Iachint Unciuleac se retrage din stăreție, iar obștea îl alege să conducă mănăstirea pe ieromonahul Melchisedec Velnic.

Prima inițiativă importantă după 22 decembrie 1989 a fost redeschiderea Schitului Sihăstria Putnei, primii viețuitori fiind monahi din obștea mănăstirii. Din 2001, schitul a devenit mănăstire.

Au fost înființate noi ateliere. Pe lângă cel de croitorie, din 1996 s-a adăugat și unul de pictură, în care părinții ce au ucenicit la Mănăstirea Makri din Grecia au început să lucreze icoane bizantine. Legătura cu această mănăstire, realizată mai ales prin duhovnicul ei, Părintele Arhimandrit Policarp Matzaroglu, a fost deosebit de rodnică. Au urmat atelierele de sculptură, de restaurare de icoane și cel de aurire.

În acești ultimi ani au continuat lucrările de construcție, întreținere și înzestrare a mănăstirii cu cele necesare. S-au ridicat noi corpuri de chilii. Pentru pelerini, a fost refăcut Arhondaricul Visarion Puiu și a fost construit un nou arhondaric, Sfântul Nicolae, alături de care se află un paraclis. În 2015–2019, prin Compania Națională de Investiții, a fost construit Centrul Cultural „Mitropolit Iacob Putneanul”. Tot cu sprijinul Companiei Naționale de Investiții, în 2021–2023 a fost construită Casa „Sfântul Nicolae”.

Și în această perioadă au loc vizite importante la mănăstire. La 25 aprilie 1992, Regele Mihai venea la Putna, la invitația Înaltpreasfințitului Pimen, pentru a lua parte la sărbătoarea Învierii Domnului. Era prima vizită reușită după expulzarea sa de către regimul comunist în 1947.

În 1994, Arhiepiscopul de Canterbury, Robert Runcie, însoțit de Părintele Patriarh Teoctist, au vizitat Putna.

Pe 30 octombrie 1995, în cadrul manifestărilor prilejuite de sărbătorirea a 110 ani de autocefalie a Bisericii Ortodoxe Române și 70 de ani de la recunoașterea Patriarhiei Române, la Putna sosește o delegație alcătuită din Patriarhul Constantinopolului, Bartolomeu I, și reprezentanți ai tuturor patriarhiilor ortodoxe din lume. În ziua următoare, Sfânta Liturghie a fost oficiată de Patriarhul Pavle al Serbiei.

La mănăstire au avut loc diferite manifestări ale studenților, precum Congresul Asociației Studenților Creștini Ortodocși Români (2005), Congresul România Jună (2011), și ale elevilor: olimpiade de religie, Concursul Național de Cultură și Spiritualitate și alte concursuri și tabere. Părinții mănăstirii au fost solicitați să slujească sau să țină cuvinte pe teme duhovnicești în diferite localități din România, Basarabia și nordul Bucovinei, dar și românilor din străinătate.

Cu sprijinul și prin purtarea de grijă a mănăstirii, au fost reînființate sau construite noi schituri, ca Schitul Daniil Sihastru, Schitul Sfântul Ilie – Salaș și Schitul 12 Apostoli.

Canonizarea Sfântului Ștefan cel Mare, împreună cu cea a Sfântului Daniil Sihastru, în anul 1992, a reprezentat o consfințire a evlaviei pe care poporul român a avut-o permanent pentru Slăvitul Voievod. La Putna, proclamarea solemnă a canonizării a avut loc chiar în ziua sărbătoririi sfântului voievod, 2 iulie, în prezența Părintelui Patriarh Teoctist și a unui număr însemnat de ierarhi și slujitori.

Serbarea din 2 iulie 2004 – 500 de ani de la adormirea Sfântului Ștefan cel Mare – a implicat activități pregătitoare: restaurarea catapetesmei, plantarea pe Dealul Crucii de brazi care alcătuiesc cuvântul „ȘTEFAN”, înălțarea pe același deal a unei cruci metalice de 28 m înălțime, pe care a fost montată antena de emisie Radio Trinitas Putna.

Ziua de 2 iulie este ziua Marii Sărbători. Ca o recunoaștere a rodniciei jertfei sale pentru Biserică, Patriarhul Teoctist și alți 35 de membri ai Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române participă la slujba Sfintei Liturghii, cinstindu-l pe cel care nu a avut odihnă întru apărarea credinței. Au slujit în total 154 de clerici.

La 19 octombrie 2004, Sanctitatea Sa, Bartolomeu I, Patriarhul Constantinopolului, depune pe mormântul Sfântului Ștefan cel Mare o candelă de argint, în semn de recunoștință pentru ceea ce a făcut Slăvitul Voievod pentru întreaga Ortodoxie și îl arată pe acesta ca fiind „simbolul și expresia autentică a întregii națiuni române”.

Mănăstirea a fost vizitată de mari părinți duhovnicești contemporani, care au vorbit obștii. Între ei: Episcopul Serafim de Ottawa și Canada, Episcopul Kallistos Ware, Arhiepiscopul Justinian Chira, Arhimandritul Policarp Matzaroglu, Arhimandritul Sofian Boghiu, Arhimandritul Arsenie Papacioc, Arhimandritul Zaharia Zaharou, Monahul Proclu Nicău.

Un moment important în istoria recentă a mănăstirii, legat de Marea Sărbătoare de la 2 iulie 2004, a fost înființarea în anul 2005 a Centrului de Cercetare și Documentare „Ștefan cel Mare”.

O altă prezență culturală și științifică importantă a mănăstirii este reprezentată de activitățile Fundației „Credință și Creație. Acad. Zoe Dumitrescu-Bușulenga – Monahia Benedicta”.

Biserica mănăstirii, care era lipsită de veșmântul picturii de 350 de ani, a primit haina luminoasă a icoanelor pictate în frescă, pe fond de aur, prin mâna fraților iconari Mihail și Gavriil Moroșan. Începută în 2001, pictura s-a sfințit pe 15 august 2010, prin mâna Părintelui Patriarh Daniel.

Anul 2016 a fost închinat aniversării a 550 de ani de la punerea pietrei de temelie a mănăstirii. În acest an, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române i-a trecut în calendar pe Sfinții Putneni, Iacob Putneanul, Mitropolitul Moldovei, și Cuvioșii Sila, Paisie și Natan.

La 10 iulie a fost sfințit noul set de clopote ale mănăstirii.

La 25 septembrie, a venit special pentru această sărbătoare Patriarhul Ioan al X-lea al Antiohiei și al Întregului Orient, și tot atunci a avut loc punerea în raclă a moaștelor Sfântului Ierarh Iacob Putneanul.

Proclamarea canonizării Sfinților Putneni a fost săvârșită de Preafericitul Părinte Patriarh Daniel și alți membri ai Sfântului Sinod, în 14–15 mai 2017.

În Anul Centenar 2018 au avut loc mai multe manifestări dedicate aniversării a 100 de ani de la Marea Unire. Din acest an vor rămâne ca martori ai dragostei de neam și al respectului pentru înaintași Portalul Memorial și Crucea unității neamului românesc.

După trecerea la cele veșnice a Înaltpreasfințitului Părinte Arhiepiscop Pimen (1929–2020), Sfântul Sinod l-a ales ca Arhiepiscop al Sucevei și Rădăuților pe Preasfințitul Părinte Calinic, Episcop-vicar al Arhiepiscopiei Iașilor. Acesta a intrat în viața monahală în 1980, la Mănăstirea Putna. A fost eclesiarh și ghid al mănăstirii și s-a implicat în amenajarea incintei și a Casei domnești, în gospodărirea mănăstirii și în povățuirea credincioșilor. Întronizarea Înaltpreasfințitului Părinte Arhiepiscop Calinic a avut loc în 26 iulie 2020, la Catedrala Arhiepiscopală Suceava – Mănăstirea „Sfântul Ioan cel Nou de la Suceava”.