Necesitatea ridicării Centrului Cultural „Mitropolit Iacob Putneanul” s-a conturat în anul 2004, odată cu restaurarea acoperământului de mormânt al Mariei de Mangop de o echipă condusă de Mihai Lupu, expert investigații chimice, și Ileana Maria Crețu, expert restaurator textile.
Cu binecuvântarea Înaltpreasfințitului Părinte Arhiepiscop Pimen, finanțarea acestui proiect a fost asigurată de Compania Națională de Investiții, condusă de doamna Manuela Pătrășcoiu, iar execuția a revenit firmei General Construct SRL din Suceava și s-a desfășurat în anii 2016–2019.
Pe lângă laboratorul de restaurare textile propus inițial, au fost prevăzute spații necesare pentru desfășurarea activităților culturale anuale cărora Mănăstirea Putna le este gazdă și pentru punerea în valoarea a patrimoniului cultural național: sala de conferințe și sala de expoziții care nu existau înainte în mănăstire. De asemenea, au fost mutate în încăperi noi, amenajate corespunzător, atelierul de pictură icoane, atelierul de croitorie și atelierul de legătorie carte. Biblioteca a dobândit un depozit generos cu un sistem modern de păstrare a cărților și mai multe săli de lectură în care studiază atât viețuitorii mănăstirii, cât și studenți și cercetători din țară sau din străinătate.