În întâmpinarea Marii Sărbători de la 2 iulie 2004, mănăstirea, în strânsă colaborare cu familia istoricilor ieșeni Ștefan S. Gorovei și Maria Magdalena Székely, a publicat trei volume dedicate Sfântului Ștefan cel Mare. În 2004, mănăstirea a găzduit Simpozionul Internațional „Ștefan cel Mare și Sfânt. Atlet al credinței creștine”, ale cărui lucrări au fost tipărite în volumul cu același nume. Pe lângă nivelul științific înalt, participanții, istorici de la București, Iași, Atena, Paris, Moscova, Toulouse, Tesalonic și Simferopol, au apreciat în chip deosebit conlucrarea dintre obștea mănăstirii și „obștea istoricilor”.
Încurajați de aceste rezultate, cu ajutorul profesorilor de la Facultatea de Istorie a Universității „Al.I. Cuza” din Iași și al cercetătorilor de la Institutul de Istorie „N. Iorga” din București, s-a decis continuarea cercetării istorice.
Centrul de Cercetare și Documentare „Ștefan cel Mare” al Sfintei Mănăstiri Putna a luat ființă în 2005. Obiectivele științifice ale Centrului sunt cercetarea epocii Sfântului Ștefan cel Mare și a istoriei Mănăstirii Putna, cu accent pe „rolul său în făurirea culturii noastre medievale și apoi în renașterea românească și în întreținerea simțămintelor naționale”.