Într-o cronică, despre victoria de la Baia este scris că „a fost gândul lui Dumnezeu cu Ștefan Voievod”. Tot astfel, ridicarea mănăstirii aici a fost un gând al lui Dumnezeu, căruia Sfântul Ștefan i-a dat ascultare.
Tradiția ne-a transmis peste veacuri că Sfântul Altar s-a ridicat pe locul unde era copacul în care s-a înfipt săgeata trasă de către Sfântul Voievod Ștefan cel Mare de pe dealul înalt de lângă mănăstire, Dealul Crucii: „Ștefan vodă cel Bun, când s-au apucat să facă Mănăstirea Putna, au tras cu arcul dintr-un vârf de munte ce iaste lângă mănăstire”.
În prezent, în muzeul mănăstirii este expus un fragment din acel copac. Fragmentul s-a păstrat până în anii ’60 în altar, fiind suportul crucii pe care este înfățișată Răstignirea Mântuitorului Iisus Hristos. Așa cum Biserica se întemeiază pe jertfa Mântuitorului Hristos, jertfă făcută din ascultare și iubire față de Dumnezeu Tatăl, tot astfel întreaga istorie a Mănăstirii Putna se întemeiază pe gestul ctitoricesc al voievodului.
Săpăturile arheologice din anii 1980 au confirmat că mănăstirea a fost ridicată pe o vatră de sihaștri. La 60 de centimetri sub nivelul fundațiilor ștefaniene ale Casei domnești s-au aflat rămășițele pământești a cinci sihaștri. Acestea aveau o culoare gălbuie și erau plăcute la vedere. Pentru că era perioada comunistă, ele au fost îngropate în taină în cimitirul mănăstirii. Ridicarea construcției fără strămutarea mormintelor arată că în vremea Sfântului Ștefan nu se mai cunoștea locul de îngropare a acestor sihaștri, ceea ce înseamnă că ei viețuiseră aici cel puțin cu câteva decenii înainte de începerea construcției.
Alegerea locului
Pe această vatră sihăstrească, Părintele ceresc îl va alege pe Sfântul Ștefan cel Mare să ctitorească o mănăstire de zid, primul său locaș sfânt ctitorit și locul pe care l-a ales de la început ca să îi adăpostească mormântul. Pentru dragostea pe care o avea către Putna, contemporanii lui o numeau „mănăstirea sa dragă”. Pentru importanța ei, peste câteva secole i se va spune „cap tuturor mănăstirilor Moldovei”.
Piatra de temelie a fost pusă de către Sfântul Ștefan în 10 iulie 1466. După trei ani, biserica a fost gata și slujba de sfințire a avut loc duminică, 3 septembrie 1469.
În Letopisețul Țării Moldovei se arată că sfințirea a avut loc după o victorie împotriva tătarilor, la Lipinți. Ștefan voievod „s-a întors cu izbândă și a venit să sfințească hramul Preasfintei Născătoare de Dumnezeu, cu ajutorul lui Dumnezeu, cu mâna preasfințitului mitropolit, chir Teoctist, și a episcopului Tarasie [de Roman] și cu egumenii tuturor mănăstirilor. Și la Liturghie au fost, la jertfelnic, în număr de 64 de arhierei și preoți și diaconi, septembrie 3, sub arhimandritul Ioasaf”.
Pentru ziua sfințirii, Sfântul Ștefan a ales în mod special data de 3 septembrie, când este prăznuit Sfântul Cuvios Teoctist. Prin alegerea datei sfințirii de ziua onomastică a Mitropolitului Teoctist al Moldovei, Sfântul Ștefan a arătat marea prețuire și recunoștință pe care le avea față de acesta.
Soborul de la sfințire, foarte mare chiar și pentru prezent, de 64 de clerici, arată și el cât de important a fost momentul pentru domn și pentru țară.
Primii monahi au venit de la Mănăstirea Neamț, în frunte cu starețul lor, arhimandritul Ioasaf, care va fi numit stareț la Putna. S-au păstrat și numele a câtorva dintre cei veniți atunci: ieromonahii Ioanichie și Macarie, ierodiaconul Teodor, monahii Anastasie, Misail, Nicon, Calistrat, Ioil, Martirie. Dospitura luată din cea mai veche mănăstire domnească a țării se va înmulți și va sluji și aici poporul pe drumul său către Dumnezeu.
