Secolul al XVIII-lea a reprezentat a doua epocă de mare înflorire a mănăstirii. Personalități de excepție își închină viața lui Hristos la Putna și viața lor duhovnicească luminează cu putere în societatea și biserica vremii.
O însemnare din 1756 legată de Sfântul Iacob Putneanul arată filiația duhovnicească a celor patru mari părinți care au vegheat asupra mănăstirii: Mitropolitul Sava „au călugărit pe episcopul Calistru, iar Calistru pre Antonii mitropolit, iar Antonii pre Iacov mitropolit”.
Mitropolitul Sava a fost călugăr la Putna, egumen al mănăstirii și apoi Episcop al Romanului (1685–1689). Apoi a fost ales mitropolit al Moldovei, păstorind într-o vreme frământată: 15 domni s-au schimbat în cei 13 ani cât a fost el mitropolit. A pus pentru prima dată blestem împotriva văcăritului, un impozit foarte împovărător pentru oameni. Din această cauză a fost demis în 1702. S-a retras la Schitul Sinești al mănăstirii, de unde a vegheat asupra vieții duhovnicești și materiale a Putnei.
Episcopul Calistru a fost al doilea mare părinte al vremii odrăslit în obștea Putnei, unde a fost și egumen. Între 1708 și 1728 a fost episcop de Rădăuți.
Următorul părinte duhovnicesc din filiația amintită a fost Mitropolitul Antonie. De loc din zona Cernăuțiului, acesta a fost călugăr la Putna, sihastru la Schitul Horecea pe care l-a ctitorit lângă Cernăuți, episcop de Rădăuți în 1528, apoi mitropolit al Moldovei între 1729–1739. În 1739, în timpul unui război ruso-turc, dorind scăparea țării de sub jugul turcesc, negociază cu conducătorul armatei ruse independența țării. Dar sfârșitul războiului aduce din nou Moldova în dependență de Imperiul Otoman. Va pleca din țară în spațiul rus, fiind și acolo mitropolit, până la trecerea la cele veșnice în 1748. Între roadele exilului amar se numără influențarea viitorului Sfânt Paisie Velicicovschi. Va păstra legăturile cu Putna și Biserica pe care o păstorise.
În primăvara anului 1738, un cutremur a zdruncinat biserica, a dărâmat turla și a ruinat zidul înconjurător și unele turnuri din colțuri. În toamna anului următor, Putna a fost lovită de oștile rusești, care, retrăgându-se din Moldova, „au făcut rea stricăciune, au tăiat, au robit, au prădat”.
În 1745, Sfântul Iacob Putneanul, egumen al mănăstirii, este ales Episcop de Rădăuți, iar în 1750, Mitropolit al Moldovei. El a fost cu adevărat omul ales de Dumnezeu pentru a fi al doilea mare ctitor al ei. Devotat trup și suflet mănăstirii sale de metanie, pe care o numea „maică” a sa, Sfântul Iacob nu a cruțat nicio osteneală și nicio cheltuială pentru a o înnoi, în paralel cu desfășurarea unor mari eforturi pentru ridicarea culturală și spirituală a Bisericii și a țării întregi.
Înainte de a începe lucrul, Sfântul Iacob a strâns în jurul său un grup de colaboratori. Fondurile materiale necesare au venit din banii săi, dar și prin efortul colaboratorilor. De exemplu, l-a trimis pe Sfântul Sila, purtătorul de grijă al Sihăstriei Putnei, pentru a strânge fonduri în Țara Românească.
A chemat din Rusia, unde rămăsese după moartea Mitropolitului Antonie, pe un frate al său de călugărie, Vartolomei Mazereanu, om cu dragoste de carte, cu multă putere de muncă și l-a făcut arhimandrit al Putnei, la 15 august 1755. În aceeași zi, a așezat în ferecătură de argint icoana făcătoare de minuni a Maicii Domnului. Aceste două evenimente din ziua hramului mănăstirii au marcat începutul lucrărilor de reconstrucție.
Anterior, Sfântul Iacob îl numise duhovnic al mănăstirii pe Sfântul Natan, pe atunci ieromonahul Nathanail Dreteanul, cărturar iscusit. Alt colaborator al Sfântului Iacob a fost ieromonahul Calistrat, din neamul boiernașilor Roschip, egumen al Putnei atunci. Mulți alții, precum episcopii de la Roman și de la Huși, monahi din mănăstire, domni și boieri din Moldova și Țara Românească, au contribuit la refacerea Putnei, lucrare ce s-a dovedit a fi de interes național.
