După anii grei ai războiului, societatea ar fi dorit o viață normală. Dar dispariția greutăților războiului nu a lăsat loc dezvoltării libere. Din contră, libertatea, inclusiv libertatea credinței, se diminuează progresiv, pe măsura extinderii și întăririi în toate domeniile vieții a dictaturii comuniste.

Ca orice sistem totalitar și ateu, comunismul a simțit că libertatea și demnitatea duhovnicească a călugărilor reprezintă un pol al adevărului care stă în calea preluării de către comunism a controlului asupra întregii societăți. De aceea, una dintre țintele principale ale comunismului au fost mănăstirile.

Încă din 1949, comuniștii evaluează diferite măsuri care să scadă numărul călugărilor și să diminueze influența monahismului în societate. Acest lucru va afecta direct și Putna. În plus, spre mănăstire se putea circula doar cu permis special, deoarece mănăstirea se afla la câțiva kilometri de noua graniță, care despărțise Bucovina în două: jumătatea de sud în România, iar jumătatea de nord în URSS.

În această perioadă instabilă, călugării cu greu reușesc să lucreze cele specifice vieții monahale și să ducă mai departe mesajul patriotic al mănăstirii. Mănăstirea este amenințată cu închiderea de către regimul comunist și transformarea ei în… crescătorie de porci.

Pentru a o salva și a reînsufleți viața duhovnicească, în mai 1956, Mitropolitul Moldovei, Sebastian Rusan, a hotărât strămutarea la Putna a 21 de părinți și frați din Mănăstirile Sihăstria și Slatina, în frunte cu un nou stareț, ieromonahul Dosoftei Murariu. Câteva luni va viețui alături de noua obște și Părintele Cleopa Ilie, marele duhovnic al vremii, pentru a introduce aici rânduiala de la Mănăstirea Sihăstria și pentru a contribui la bunul mers al noii obști.

Eforturile noii obști se îndreaptă, în chip firesc, spre organizarea cum se cuvine a aniversării a 500 de ani de la urcarea pe tron a lui Ștefan cel Mare, în 1957. Cu același gând, animați și de cunoașterea participării studențești la celelalte serbări, studenții din centrul universitar Iași fac mai multe pregătiri pentru realizarea unei serbări ample la Putna pe 12 aprilie.

Fără a fi interzise total, pentru o parte din inițiative nu se primește aprobare. Dorința aparatului de securitate a fost reducerea la minim a manifestărilor publice. Patru dintre conducătorii studenților au fost arestați și condamnați la ani grei de temniță. Starețul Dosoftei Murariu este mutat la altă mănăstire, ca mai apoi să fie arestat. Îi vor urma alți stareți, care vor fi înlăturați și ei de puterea comunistă.

Anul 1959 a reprezentat un an de mare cumpănă pentru Mănăstirea Putna, ca pentru întregul monahism românesc. Un șir de prevederi anti monahale au culminat cu Decretul de Stat nr. 410, prin care erau excluși din mănăstire toți monahii și monahiile sub 55, respectiv 50 de ani, cu excepția celor cu studii teologice. Având în vedere că la mănăstire nu vin doar absolvenți de Teologie, ci persoane care vor să își închine viața Mântuitorului Hristos, practic marea majoritate a călugărilor au fost dați afară din mănăstiri.

În doar 2 ani și jumătate (între februarie 1958 și august 1960) numărul viețuitorilor mănăstirii s-a redus cu 85% (din 27 au rămas doar „doi bătrâni și doi tineri”), cea mai critică situație cunoscută în ultimii 250 de ani de istorie a Mănăstirii Putna. Era, de altfel, situația întregului monahism românesc. După izgonirile din anii 1958–1960, o parte din cei dați afară au continuat să rămână pe lângă mănăstiri pe posturi de îngrijitori, de paznici, muncind ca zilieri sau pe motiv că sunt inapți de muncă din cauza infirmităților ori a bătrâneții. Alții au reușit să se întoarcă.

Deși Decretul 410 era în vigoare, în ultimii ani ai regimului comunist s-a reușit primirea câtorva tineri în viața monahală; aceștia vor deveni o verigă de legătură între generațiile intrate în mănăstire înainte de 1959 și cei care vor veni după 1989.

În ceea ce privește mesajul dragostei de neam, în întreaga țară se știa că aici, sub privirea și ocrotirea Sfântului Ștefan cel Mare, se spun lucruri care nu se mai aud în spațiul public de decenii. Practic, Putna era singurul spațiu din România unde se spunea răspicat că două părți din țara noastră, Basarabia și nordul Bucovinei, au fost răpite de Uniunea Sovietică. Era meritul părinților care ghidau, dintre care amintim pe Părintele Stareț Gherasim, Părintele Stareț Iachint și monahul Constantin Chirilă.

În ceea ce privește cele duhovnicești, credincioșii însetați de viața în Hristos au aflat aici povățuitori încercați. Unii dintre părinții cu viață aleasă ai mănăstirii au fost cuprinși în Patericul românesc: schimonahul Marcu Dăncilă, ieromonahul Damaschin Schipor, arhimandritul Iachint Unciuleac.

Pe această temelie, a dragostei de neam, de Adevăr și dreptate, se va clădi următoarea etapă a vieții mănăstirii.