În urma negocierilor austro-turce, Imperiul Austriac a ocupat nordul Moldovei între 31 august și 25 octombrie 1774, teritoriul încorporat fiind numit Bucovina. Pentru că încercase să se opună anexării, Domnul Grigorie III Ghica al Moldovei a fost ucis din ordinul sultanului, la 1 octombrie 1777.

A urmat un proces de deznaționalizare, prin acțiuni de colonizare și imigrare, de ocupare mai ales de către austrieci a principalelor pârghii de conducere ale vieții politice și economice, ale administrației și justiției, ale instituțiilor culturale.

Pentru a rupe legăturile bisericești cu Moldova, în 1781 este creată Episcopia Bucovinei, cu sediul la Cernăuți, scoasă de sub autoritatea Mitropoliei din Iași.

Viața monahală a suferit foarte mult. Până în acel an în zona anexată existau nouă mănăstiri de călugări (Putna, Sucevița, Dragomirna, Sfântul Ilie, Ilișești, Humor, Solca, Voroneț și Moldovița), una de călugărițe (Pătrăuți) și numeroase schituri. În 1786, aceste așezăminte au fost desființate, cu excepția mănăstirilor Putna, Sucevița și Dragomirna. Odată cu celelalte schituri, au fost închise și Sihăstria Putnei și Sihăstria Ursoaia. Pentru mănăstirile rămase deschise, numărul viețuitorilor a fost limitat la 25. Din cei mai mult de 500 de călugări aflați în 1775 în Bucovina, în secolul următor aici mai erau doar 8%!

În anul 1786, după închiderea mănăstirilor, au fost luate proprietățile acestora și ale celor trei mănăstiri rămase deschise și din ele s-a creat Fondul religionar. Pus sub patronajul direct al împăratului austriac, doar o parte din veniturile acestui fond erau direcționate spre întreținerea celor trei mănăstiri rămase deschise.

Desființarea mănăstirilor, limitarea numărului de călugări și, mai ales, duhul neortodox al noii stăpâniri politice a dus la scăderea capacității lumii monahale de a da naștere unor vârfuri, care să poată duce greaua povară a stăreției. Biserica a înțeles că menținerea unității de neam și de limbă a românilor bucovineni va avea ca efect și păstrarea identității religioase. În această perioadă, preoți de excepție vor însufleți viața bisericească, politică, națională și culturală a bucovinenilor. Dintre aceștia, unii vor fi chemați să poarte și crucea stăreției.

Deși greu încercată din punct de vedere duhovnicesc în perioada austriacă, Putna a reușit să fie un reazem pentru cei care au dorit să rămână statornici în credința ortodoxă și, atunci când a fost nevoie, a arătat românilor chipul Sfântului Ștefan cel Mare ca model exemplar.

Viața românească va începe să își revină în Bucovina începând cu jumătatea secolului al XIX-lea, mai ales prin eforturile membrilor familiei Hurmuzachi, pe plan politic, și prin eforturile Bisericii, pe plan educațional și religios.

La Putna, în această perioadă au avut loc câteva mari evenimente.

În 1856, a fost deschis de către o comisie austriacă mormântul Sfântului Ștefan cel Mare. S-a constatat că trupul domnului fusese așezat pe 13 bare metalice sprijinite pe două ziduri de cărămidă. Îmbrăcămintea era din „stofă grea și bogată”, iar în dreptul pieptului se găsea brodată o mare cruce de aur.

Între anii 1850–1856, pe vremea egumeniei Arhimandritului Artemon Bortnic, au fost efectuate ample lucrări de reconstrucție: s-a mutat spre exterior latura nordică a zidului de incintă cu 25 de metri și s-au demolat turnul de pe latura estică și clopotnița din colțul nord-vestic, ambele din epoca lui Ștefan cel Mare, turnurile din colțurile incintei, s-au reclădit chiliile și paraclisul Sfinților Apostoli Petru și Pavel.

Prima Serbare a Românilor de Pretutindeni a fost organizată în 1871, la Putna. Stareț al mănăstirii era Arhimandritul Arcadie Ciupercovici.