În cursul cercetărilor arheologice din anii 1955–1956 au fost descoperite fundațiile unui turn din secolul al XV-lea, considerat de către arheologi intrarea originară în incinta mănăstirii. Având formă pătrată, cu latura la bază de 5 metri și grosimea zidurilor de 1 metru, acest turn a străjuit poarta mănăstirii timp de aproape trei secole.

După numeroase atacuri și incendii, cutremurul din 1739 l-a adus în stadiul în care l-a găsit Mitropolitul Iacov Putneanul: „risipit de tot”. De aceea, după ce a refăcut zidul de incintă, vrednicul ierarh a construit și actualul turn al porții, puțin mai la est.

Format din parter și etaj, turnul are latura la bază de 8 metri și înălțimea până la streașină de 10 metri. Acoperișul este piramidal, în patru ape, iar parterul constituie însuși gangul de comunicare între incintă și exterior, fiind prevăzut cu porți masive de stejar, legate în fier, având drugi de blocare și guri de tragere.

Simetric cu stema lui Constantin Racoviță, dar la exterior și perfect vizibilă pentru oricine intra în mănăstire – prinos de cinstire ctitorului dintâi –, o pisanie ce reproduce cu exactitate și iscusință principalele elemente ale celei originale pierdute, a lui Ștefan cel Mare din 1481, a fost încastrată în peretele estic al noului turn.

Inscripția dă mărturie despre finalizarea întregului ansamblu al primei ctitorii a voievodului: „Dreptcinstitorul domn a toată Țara Moldovei, marele Io Ștefan Voievod, fiul marelui Bogdan Voievod, a zidit și a făcut această mănăstire întru numele sfintei Născătoare de Dumnezeu, în vremea arhimandritului Ioasaf, în anul 6989 <1481>”.

Din secolul al XX-lea, turnul porții se numește și „Turnul Eminescu”, în amintirea serbării studențești din 1871, când Mihai Eminescu a fost găzduit în camera de la etaj.

Din timpul regimului comunist, această încăpere a fost folosită drept sală de expoziție pentru obiectele comemorative dăruite pentru a sta la mormântul Sfântului Voievod Ștefan – prapuri, urne votive, tablouri și medalii – la serbările din 1871, 1904, 1926 și 2004 sau cu alte ocazii.