În vremea Sfântului Ștefan cel Mare, clopotnița se afla în colțul nord-vestic al incintei. Ea a fost demolată cândva între anii 1850–1856.

Din anul 2016, Turnul clopotniță adăpostește noile clopote ale Mănăstirii Putna.
Actualul turn clopotniță, aflat pe latura de est a incintei, a fost construit din cărămidă, în stil romanic, în anul 1822, în timpul egumeniei arhimandritului Dezideriu Cozub.