Încă de la întemeierea ei, Mănăstirea Putna a beneficiat de sprijinul Sfântului Ștefan pentru a deveni, în cel mai scurt timp, cel mai important centru monastic și cultural din Moldova acelor timpuri. Alături de caligrafie, pictură, sculptură, broderie, muzica bisericească va ocupa un loc principal în viața monahilor putneni, luând ființă aici o veritabilă școală de psaltichie.
Originile școlii muzicale putnene coincid cu apariția curentului isihast în Țările Române, la sfârșitul veacului al XIV-lea, introdus în Moldova de către ucenicii Sfântului Nicodim de la Tismana, la rândul său isihast athonit. Ei sunt, prin tradiție, întemeietorii Mănăstirii Neamț, de unde au provenit primii călugări ai Mănăstirii Putna, în anul 1466. Printre primii mari reprezentanți ai curentului isihast athonit se numără, alături de Sfinții Grigorie Sinaitul sau Grigorie Palama, și Sfântul Ioan Cucuzel, protopsaltul Marii Lavre din Sfântul Munte Athos la începutul veacului al XIV-lea. Cântările compuse de el vor deveni modele și sursă de inspirație pentru toți muzicienii bisericești, până astăzi. În manuscrisele muzicale putnene, numite Antologhioane, creațiile sale se află la loc de cinste.
Isihasmul aduce cu sine o reformă a muzicii bisericești, rezultată din practica monahală isihastă, care constă din împletirea viețuirii idioritmice cu viețuirea cenobitică. Monahii isihaști își petreceau o mare parte a timpului în singurătate, în afara zidurilor mănăstirii și se reuneau cu obștea de sărbători, în cadrul privegherilor de toată noaptea (agripnii) urmate de Sfânta Liturghie. Lungimea slujbelor a atras după sine lungirea și înfrumusețarea cântărilor, fiind denumite din acest motiv kalofonice (frumos răsunătoare) și au fost cuprinse în cărți de strană speciale numite Akolouthii și Antologii, fiind răspândite apoi în întreg spațiul ortodox, îndeosebi în mediul monahal.
Prin urmare, viețuirea de tip isihast presupunea încă de la începutul veacului al XV-lea existența unui cor capabil să interpreteze cântări kalofonice. Se pare că primii monahi ai Mănăstirii Putna, imediat după sfințirea acesteia, în 1469, au adus de la Mănăstirea Neamț o carte de cântări (datată la mijlocul veacului al XV-lea), aflată astăzi, parțial, în biblioteca Mănăstirii Putna. Prezența în cuprinsul ei a unor cântări aparținând unor compozitori sârbi indică o anumită filiație cu tradiția muzicală sârbă. Semnificativ în acest sens este și faptul că primul cântăreț bisericesc din Moldova, atestat documentar, este un anume Gheorghe Sârbul, în anul 1454.
Primele vești despre muzicienii putneni apar încă din timpul domniei Sfântului Ștefan cel Mare. Într-o însemnare din 1502, de pildă, aflăm despre un monah Paisie, care caligrafiază cărți de cântări bisericești pentru ultima ctitorie ștefaniană, Mănăstirea Dobrovăț.
În 1511, la puțin timp după trecerea la cele veșnice a Slăvitului Voievod, este încheiată scrierea primei cărți de cântări bisericești din spațiul românesc (atestată documentar), vestitul Antologhion al lui Eustatie Protopsaltul, un manuscris unicat în lumea ortodoxă, care cuprinde peste 150 de compoziții proprii, în limbile greacă și slavonă. El este cel care pune bazele școlii muzicale putnene, cărțile sale de cântări devenind modele pentru cei care i-au urmat. A reușit să formeze în jurul său ucenici vrednici, precum monahul Pafnutie, cel de-al doilea protopsalt al Putnei, și ieromonahul Macarie de la Dobrovăț, care au transmis moștenirea muzicală mai departe. Marile mănăstiri din Moldova, ctitorite în secolul al XVI-lea, au avut protopsalți formați la Mănăstirea Putna, precum monahul Isachie de la Râșca și ieromonahul Vasilie de la Slatina, iar Antologhioanele putnene au circulat în mănăstiri importante din Moldova, precum Râșca, Dragomirna și Secu, cât și din străinătate, precum Mănăstirile Bachkovo din Bulgaria sau Limonos din Grecia. De la Putna a plecat la Marele Schit din Galiția o mare personalitate a vieții bisericești din veacul al XVII-lea, Sfântul Teodosie de la Maniava, care a fost și un bun muzician, având contribuții substanțiale atât în apărarea credinței ortodoxe, cât și la transmiterea repertoriului psaltic autentic în spațiul de astăzi al Ucrainei și al Rusiei.
În prezent se mai păstrează 20 de Antologhioane muzicale care au aparținut școlii muzicale putnene, în formă completă sau incompletă, fiind răspândite în muzee și biblioteci din diverse țări, precum Germania, Rusia, Grecia, Ucraina, Bulgaria, Cehia. Ele au fost studiate de muzicologi și lingviști de renume, care au lăsat studii edificatoare despre importanța școlii putnene: Dimitri Conomos, Ann Pennington, Elena Toncheva, Svetlana Kujumdzieva, Ana Eliseeva etc. Dintre muzicologii români care s-au dedicat studiului manuscriselor putnene amintim pe Titus Moisescu, Gheorghe Ciobanu, Marin Ionescu, Maria Alexandru, Gabriela Ocneanu, Nicolae Gheorghiță.
Numărul mare al compozițiilor psaltice (circa 200), al manuscriselor muzicale și al muzicienilor reprezentativi, protopsalți și cântăreți, demonstrează prolificitatea și relevanța școlii muzicale putnene, ceea ce conferă culturii muzicale moldovenești un statut de primă mărime în perioada medievală, în tot spațiul ortodox.