Lucrările de construcție a bisericii cu hramul Adormirea Maicii Domnului au început la 10 iulie 1466, după cucerirea cetății Chilia, și s-au terminat în anul 1469. Slujba de sfințire a avut loc în același an, la 3 septembrie, după biruința de la Lipnic asupra tătarilor.
Apoi s-a întors cu izbândă și a venit să sfințească hramul Preasfintei Născătoare de Dumnezeu, cu ajutorul lui Dumnezeu, cu mâna Preasfințitului mitropolit, chir Theoctist și a episcopului Tarasie și cu egumenii tuturor mănăstirilor. Și la Liturghie au fost la jertvelnic, de toți, în număr de 64 de arhierei și preoți și diaconi, sub arhimandritul Ioasaf. (Letopisețul de la Putna II)Imediat după construirea bisericii inițiale, interiorul încăperilor acesteia a fost tencuit și apoi finisat prin pictare cu culoare roșie și albastră, imitând apareiajul zidăriei de cărămidă. După o vreme, a intervenit decorarea edificiului prin pictare în frescă, bogat împodobită cu foiță de aur.
La exterior, fațadele bisericii ștefaniene au fost decorate cu discuri smălțuite; mai apoi, dar înainte de demantelarea edificiului, fațadele inițiale au primit (parțial sau total) un strat de frescă cu reprezentări iconografice, strat care suprapune fețele smălțuite ale unora dintre fragmentele de discuri ceramice decorative recuperate.
De-a lungul veacurilor, Mănăstirea Putna a trecut prin numeroase încercări: incendii, cutremure, jafuri și năvăliri străine, care i-au schimbat chipul cel dintâi. În secolul al XVII-lea biserica mănăstirii era grav avariată. Vasile Lupu încearcă să o rezidească, dar nu reușește să o finalizeze deoarece pierde domnia.
În forma sa de acum, biserica a fost construită în intervalul 1653–1662 și se află pe locul bisericii ctitorite de Ștefan cel Mare.
