Înzestrarea Putnei cu cărți făcea parte din îndatoririle de ctitor ale Sfântului Ștefan cel Mare, alături de dăruirea de odoare, veșminte, obiecte de cult sau diferite proprietăți.
Primul set de cărți a fost comandat de Ștefan cel Mare la Mănăstirea Neamț în anul 1467. Se cerea copierea a douăsprezece mineie, cărți care conțin slujbele sfinților pentru toate lunile anului. Dintre ele, doar unul singur, cel pentru luna noiembrie, caligrafiat de monahul Casian, se mai păstrează în biblioteca Mănăstirii Putna. Cinci mineie au ajuns la Moscova, în Muzeul Rumjancev, iar șase au fost pierdute.
Seria de manuscrise destinate de Ștefan cel Mare necropolei sale avea să continue cu Leastvița (Scara), alcătuită de Sfântul Ioan Scărarul în secolul al VII-lea, copiată în anul 1472 de monahul Vasile.
Scara virtuților
Cuprinsul cărții este un martor al idealului pe care Sfântul Ștefan îl avea pentru monahii mănăstirilor ctitorite. Este același ideal al monahilor și al creștinilor dintotdeauna: sfințenia, ca împlinire a umanului. Cele treizeci de capitole sau treizeci de trepte necesare pentru ajungerea monahilor la acest ideal cuprind sfaturi despre o patimă sau o virtute. Lucrarea se sfârșește cu un Cuvânt către păstor despre cum trebuie să fie starețul unei mănăstiri.
Scara virtuților este ilustrată pe această filă din Leastvița Sfântului Ioan Scărarul, copiată din porunca Sfântului Ștefan cel Mare pentru Mănăstirea Putna la 1472.
Un alt tezaur al începuturilor, care nu a supraviețuit la Putna decât în foarte mică parte, este dat de manuscrisele muzicale cu notație psaltică ale protopsaltului Eustatie și ale ucenicilor săi. Majoritatea acestora se află azi în Rusia. La Putna se află un Antologhion din secolul al XVI-lea care cuprinde multe dintre compozițiile sale.
Scrierea de cărți în slavonă a continuat și în timpul domniei lui Bogdan al III-lea, pe tot parcursul secolului al XVI-lea și până în secolul al XVIII-lea. Dintre ele amintim: cărți de slujbă, Psaltiri, Ceasloave, cărți de învățătură (ale Sfinților Ioan Gură de Aur, Efrem Sirul, ale Avei Dorothei și ale altor Sfinți Părinți), tâlcuirea Evangheliilor, vieți de sfinți, coduri de legi.
Manuscrise românești
Aproape toate cărțile manuscrise, redactate în limba română, care se găsesc astăzi în biblioteca Mănăstirii Putna, aparțin secolelor al XVIII-lea și al XIX-lea. Mai bine de jumătate dintre acestea au fost scrise, și în multe cazuri traduse, de trei mari oameni de carte ai veacului al XVIII-lea: dascălul și monahul Evloghie din Iași (ajutat de fiul său, Gheorghe), Sfântul Natan Dreteanovschi și Arhimandritul Vartolomei Mazereanu. Ei au lucrat cu blagoslovenia și sub îndrumarea Sfântului Iacob Putneanul.
De la Evloghie se păstrează numeroase traduceri de vieți de sfinți, de la Sfântul Natan multe pomelnice mănăstirești, în primul rând ale Putnei și Sihăstriei Putnei, iar de la Arhimandritul Vartolomei, zeci de cărți de învățătură și de slujbă traduse din slavonă.
Tot de la Arhimandritul Vartolomei se păstrează prima strădanie de alcătuire a unei arhive cunoscută în spațiul românesc, din 1764, când el a alcătuit o condică a documentelor mănăstirii, Catastih de toate scrisorile Sfintei Mănăstiri Putna.
Despre cugetul cu care au fost scrise aceste cărți, ca o slujire spre mântuirea fraților, dă mărturie o însemnare a Arhimandritului Vartolomei pe una dintre lucrările traduse de el, care conținea slujba parastasului pentru cei trecuți la cele veșnice: „Precinstiți părinți din Sfintei Mănăstirea Putna: Bucurați vă întru Domnul! Iarăși cu toată smerenie me mă rog Sfințiilor Voastre să primiți cu părintească dragoste și această puțină osteneală a mea […] și când veți sluji panahidile, cu toată umilința, vă rog, sufletul meu cel îngreuiat cu sarcina păcatelor, să-l ușurați cu sfintele rugi și să mi pomeniți numele meu și al părinților mei.”
Tipărituri
Alături de manuscrise, cartea veche a Mănăstirii Putna conține și circa 740 de cărți tipărite între secolele XVII–XIX. Marea majoritate sunt în limba română, dar există și 42 de exemplare în limba slavonă și alte câteva în latină și greacă.
Unele dintre ele au valoare memorialistică, conținând interesante însemnări autografe. Dintre puținele cărți românești din secolul al XVII-lea, cele mai valoroase sunt cele tipărite de Sfântul Mitropolit Dosoftei al Moldovei, în 1681–1686, unele dintre ele fiind exemplare cu care marele cărturar lucra în tipografie pentru corectură.